MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella sonnei Ss046 plasmid pSS046_spB

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009346	ATG	2	6	41	46	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294032
2	NC_009346	GGT	3	9	106	114	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	145294032
3	NC_009346	GAA	2	6	186	191	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294032
4	NC_009346	GCAG	2	8	195	202	25 %	0 %	50 %	25 %	145294032
5	NC_009346	AAAGCA	2	12	244	255	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	145294032
6	NC_009346	AAT	2	6	352	357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294032
7	NC_009346	GCAG	2	8	366	373	25 %	0 %	50 %	25 %	145294032
8	NC_009346	AGA	2	6	402	407	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294032
9	NC_009346	AAG	2	6	419	424	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294032
10	NC_009346	AAC	2	6	458	463	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	145294032
11	NC_009346	GCA	2	6	541	546	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294032
12	NC_009346	A	7	7	581	587	100 %	0 %	0 %	0 %	145294032
13	NC_009346	TGC	3	9	591	599	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294032
14	NC_009346	GTC	2	6	797	802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294032
15	NC_009346	T	7	7	804	810	0 %	100 %	0 %	0 %	145294032
16	NC_009346	CCA	2	6	815	820	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	145294032
17	NC_009346	TGA	2	6	840	845	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294032
18	NC_009346	GGA	2	6	849	854	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	145294032
19	NC_009346	TAA	3	9	942	950	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294032
20	NC_009346	CAG	2	6	959	964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294032
21	NC_009346	ATG	2	6	977	982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294032
22	NC_009346	TGAA	2	8	1154	1161	50 %	25 %	25 %	0 %	145294032
23	NC_009346	GCT	2	6	1168	1173	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294032
24	NC_009346	ATG	2	6	1331	1336	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294032
25	NC_009346	AGA	2	6	1400	1405	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294032
26	NC_009346	AGTT	2	8	1422	1429	25 %	50 %	25 %	0 %	145294032
27	NC_009346	TGT	3	9	1431	1439	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	145294032
28	NC_009346	TGCT	2	8	1454	1461	0 %	50 %	25 %	25 %	145294032
29	NC_009346	ATT	2	6	1566	1571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294032
30	NC_009346	CAAA	2	8	1620	1627	75 %	0 %	0 %	25 %	145294033
31	NC_009346	ATT	2	6	1671	1676	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294033
32	NC_009346	T	6	6	1681	1686	0 %	100 %	0 %	0 %	145294033
33	NC_009346	A	6	6	1696	1701	100 %	0 %	0 %	0 %	145294033
34	NC_009346	TCTT	2	8	1702	1709	0 %	75 %	0 %	25 %	145294033
35	NC_009346	A	6	6	1719	1724	100 %	0 %	0 %	0 %	145294033
36	NC_009346	ATA	2	6	1809	1814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294033
37	NC_009346	GTT	2	6	1821	1826	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	145294033
38	NC_009346	T	6	6	1825	1830	0 %	100 %	0 %	0 %	145294033
39	NC_009346	TA	6	12	1840	1851	50 %	50 %	0 %	0 %	145294033
40	NC_009346	CAAA	2	8	1868	1875	75 %	0 %	0 %	25 %	145294033
41	NC_009346	T	6	6	1879	1884	0 %	100 %	0 %	0 %	145294033
42	NC_009346	GTA	2	6	1887	1892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294033
43	NC_009346	TA	3	6	1919	1924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009346	T	6	6	1964	1969	0 %	100 %	0 %	0 %	145294034
45	NC_009346	CCT	2	6	1990	1995	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294034
46	NC_009346	TA	3	6	2015	2020	50 %	50 %	0 %	0 %	145294034
47	NC_009346	AGGG	2	8	2031	2038	25 %	0 %	75 %	0 %	145294034
48	NC_009346	CAT	2	6	2049	2054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294034
49	NC_009346	CTT	2	6	2055	2060	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294034
50	NC_009346	TCT	2	6	2104	2109	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_009346	T	7	7	2118	2124	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009346	CTG	2	6	2136	2141	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_009346	A	6	6	2152	2157	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009346	CAG	2	6	2227	2232	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_009346	ACT	2	6	2280	2285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_009346	CAT	2	6	2313	2318	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_009346	GCT	2	6	2344	2349	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_009346	G	6	6	2430	2435	0 %	0 %	100 %	0 %	145294035
59	NC_009346	CA	3	6	2442	2447	50 %	0 %	0 %	50 %	145294035
60	NC_009346	CCGAG	2	10	2474	2483	20 %	0 %	40 %	40 %	145294035
61	NC_009346	G	6	6	2677	2682	0 %	0 %	100 %	0 %	145294035
62	NC_009346	GCG	2	6	2705	2710	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294035
63	NC_009346	CTT	2	6	2715	2720	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294035
64	NC_009346	TGCTT	2	10	2725	2734	0 %	60 %	20 %	20 %	145294035
65	NC_009346	TGAG	2	8	2797	2804	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009346	CGC	2	6	2816	2821	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_009346	TGT	2	6	2900	2905	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009346	TCCTG	2	10	2917	2926	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_009346	TC	3	6	2934	2939	0 %	50 %	0 %	50 %	145294036
70	NC_009346	TTC	2	6	2985	2990	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294036
71	NC_009346	CA	3	6	3011	3016	50 %	0 %	0 %	50 %	145294036
72	NC_009346	AGC	2	6	3058	3063	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294036
73	NC_009346	GGCTTT	2	12	3068	3079	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	145294036
74	NC_009346	TGC	3	9	3109	3117	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294036
75	NC_009346	TCTG	2	8	3143	3150	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_009346	TG	3	6	3161	3166	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009346	CCG	2	6	3199	3204	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_009346	A	6	6	3262	3267	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009346	GACAG	2	10	3301	3310	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_009346	AGA	3	9	3474	3482	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294037
81	NC_009346	GCT	2	6	3502	3507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294037
82	NC_009346	T	6	6	3531	3536	0 %	100 %	0 %	0 %	145294037
83	NC_009346	GGC	2	6	3540	3545	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294037
84	NC_009346	ACTG	2	8	3570	3577	25 %	25 %	25 %	25 %	145294037
85	NC_009346	AAG	2	6	3593	3598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294037
86	NC_009346	A	6	6	3622	3627	100 %	0 %	0 %	0 %	145294037
87	NC_009346	GA	3	6	3740	3745	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009346	AG	3	6	3822	3827	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009346	TCCT	2	8	3848	3855	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_009346	GTG	2	6	3921	3926	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009346	CAGC	2	8	4004	4011	25 %	0 %	25 %	50 %	145294038
92	NC_009346	T	6	6	4020	4025	0 %	100 %	0 %	0 %	145294038
93	NC_009346	TGC	2	6	4040	4045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294038
94	NC_009346	GAGT	2	8	4080	4087	25 %	25 %	50 %	0 %	145294038
95	NC_009346	GTT	2	6	4121	4126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	145294038
96	NC_009346	A	7	7	4188	4194	100 %	0 %	0 %	0 %	145294038
97	NC_009346	CAT	2	6	4200	4205	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294038
98	NC_009346	TCA	2	6	4252	4257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294038
99	NC_009346	TGT	2	6	4282	4287	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	145294038
100	NC_009346	GTTT	2	8	4355	4362	0 %	75 %	25 %	0 %	145294038
101	NC_009346	TATT	2	8	4398	4405	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009346	TTA	2	6	4415	4420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009346	TTATC	2	10	4429	4438	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_009346	GCCT	2	8	4509	4516	0 %	25 %	25 %	50 %	145294039
105	NC_009346	TCTG	2	8	4650	4657	0 %	50 %	25 %	25 %	145294039
106	NC_009346	CGT	2	6	4761	4766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294039
107	NC_009346	CTGG	2	8	4772	4779	0 %	25 %	50 %	25 %	145294039
108	NC_009346	GT	3	6	4861	4866	0 %	50 %	50 %	0 %	145294039
109	NC_009346	GCCAT	2	10	4867	4876	20 %	20 %	20 %	40 %	145294039
110	NC_009346	TCTCA	2	10	4900	4909	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_009346	GTG	2	6	4988	4993	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009346	T	7	7	5004	5010	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009346	GCG	2	6	5060	5065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_009346	TA	3	6	5079	5084	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009346	TA	4	8	5096	5103	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.